Laboratorio de Pokémon oscuros (Laboratorio de Cífer En Pokémon XD) es un misterioso laboratorio construido en la mitad del Desierto de Aura. En Pokémon Colosseum está protegido por barreras eléctricas y el único acceso es por medio de tarjetas especiales o el tren subterráneo de Básix. En Pokémon XD se puede entrar una vez obtenida su ubicación por la puerta principal.
Este laboratorio fue construido por Cífer y, en Pokémon Colosseum, es el lugar de origen de los Pokémon oscuros que Ein modificó.
Leo y Sandra van a investigar este lugar luego de recibir un mail, que decía que vieron a unos tipos cargando cosas a este lugar, los cuales eran sospechosos de los incidentes ocurridos en el Monte Batalla. Al ir a investigar se dan cuenta de que todo está protegido por una cerca eléctrica y no se puede acceder, durante este lapso de tiempo es llamado Laboratorio misterioso (Mistery's Laboratory).
Luego de que Leo y Sandra vencieran a Venus en Básix, ésta huye por un tren, el cual lleva a una entrada subterránea de este laboratorio, pero uno de sus secuaces cortó el paso usando una bomba, y Venus consiguió escapar, aunque se le cae la Tarjeta de Acceso al laboratorio, de esta manera Leo y Sandra logran entrar por la entrada principal, descubriendo que éste estaba en funcionamiento y plagada de miembros de Cífer con Pokémon oscuros los cuales eran creados en este mismo laboratorio, a pesar de que activan la alarma, Leo logra llegar hasta Ein, mente maestra y creador de los Pokémon oscuros, el cual posee un Raikou oscuro. A pesar de ser derrotado a este no le importa porque había conseguido enviar un Tyranitar oscuro a su jefe. Luego se retira argumentado que el sitio es inservible.
Pasado un tiempo un agente especial de Cífer se refugia en el laboratorio con uno de los últimos Pokémon oscuros, donde Leo lo encuentra. Luego este sitio es abandonado y dejado tal cual ya que el "Proyecto oscuro" fue un fracaso.
Luego de que unos extraños tipos secuestraran al Profesor Cío, Mauro, por medio de diversas pistas, logra encontrar el mismo vehículo donde fue raptado estacionado en las afueras del laboratorio, todo el mundo sabía que este había sido abandonado tras el "incidente oscuro" de hace 5 años.
Mauro al ir a investigar se encuentra con los hermanos del Hexágono: Rosexto, Azusexto, Marronsexto, Amasexto, Morasexto y Versexto. Son unos tipos muy raros pero no suponen problemas para Mauro, éste al ingresar se encuentra con multitud de miembros de Cífer, algunos con Pokémon oscuros, de alguna manera logra dar con el Profesor Cío y al tratar escapar por la puerta de entrada, aparece Priscila quien revela que secuestraron al profesor para que los ayudara en la creación de un Pokémon inmune a la purificación, el XD001, ambos se niegan a ayudarla y combaten con la nueva administradora la cual posee un Delcatty oscuro. Al vencerla deja escapar al profesor y abandonan el laboratorio.
Gracias a esta serie de acontecimientos se logra saber que Cífer ha regresado y el "Incidente oscuro" puede volver a ocurrir, además de obtener un "Disquete", el cual contiene gran cantidad de información sobre sus planes. No es necesario volver a este lugar durante todo el juego, pero igual ponen de guardia a los Hermanos Sexto hasta el ataque a Ciudad Oasis.
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