Los lugares especiales de aparición de Pokémon, también conocidos como fenómenos, es una mecánica de juego introducida en la quinta generación que permite conseguir Pokémon salvajes u objetos de una forma inusual y aleatoria. Existen cuatro tipos de fenómenos: cuando la hierba se mueve, nubes de polvo, sombras de Pokémon voladores y la sombra de agua (por Surf o pesca). Algunos Pokémon sólo se pueden conseguir mediante este método. Los fenómenos sólo aparecen una vez que el jugador obtiene su primera medalla.
Los fenómenos seguirán existiendo incluso si el jugador se retira de la zona que rodea al fenómeno (pero no completamente) o entra a los menús. No desaparecerán a menos que al jugador lo reten a un combate, consiga un objeto, interactúe con una persona o se vaya completamente de la zona. Si una persona (que no sea el jugador) pasa por él, desaparecerá. No puede haber más de un fenómeno a la vez en una misma zona. Si se guarda la partida y no se consigue el Pokémon deseado, una vez prendida nuevamente la consola, el fenómeno habrá desaparecido.
Una forma de saber si está ocurriendo un fenómeno es si se escucha un sonido aparte de la música de la zona, aunque una indicación también será visible.
Cuando la hierba se mueve (Rustling grass en inglés) sólo se pueden encontrar Pokémon, no objetos. Audino se puede encontrar en, prácticamente, cualquier ruta de Teselia (la única ruta en la que no se encuentra Audino es la ruta 19). Algunos otros Pokémon se pueden encontrar mediante este método, como, por ejemplo, el trío de monos en el Bosque de los Perdidos y en el Bosque Azulejo (sólo en Pokémon Negro y Blanco), aunque siempre con una menor probabilidad que Audino. Este fenómeno no puede ocurrir en hierba oscura, pero sí en hierba muy alta. Los Pokémon varían dependiendo si el jugador tiene o no la Pokédex Nacional en Pokémon Negro y Blanco.
En las cuevas pueden aparecer las nubes de polvo (Dust clouds en inglés), de las cuales pueden aparecer tanto Pokémon como objetos (como, por ejemplo, gemas, piedras evolutivas y partes). Siempre hay un 40% que sea un Pokémon y un 60% que sea un objeto. Llevar un repelente activado, sin embargo, evita o reduce la posibilidad de que aparezcan Pokémon y, en su lugar, salen objetos.
En las sombras de Pokémon voladores (Flying Pokémon's shadow en inglés) pueden aparecer tanto Pokémon como objetos (como, por ejemplo, plumas). Este fenómeno se da sólo en el Puente de Fayenza y el Puente Progreso. Siempre hay un 40% que sea un Pokémon y un 60% que sea un objeto.
En Pokémon Negro y Blanco y Pokémon Negro y Blanco 2
En la sombra del agua (Rippling water en inglés) sólo pueden aparecer Pokémon, nunca objetos. Se pueden encontrar de dos formas: pasando sobre ellas o pescando en ellas.