Advertencia: a partir de aquí se podrían presentar detalles de la trama y el argumento.
Red y Green han recibido un mensaje en sus memorines en el que el profesor Oak les pide devolver sus pokédex. Aunque ambos entrenadores desconocen los motivos de dicha petición no tienen más opción que confiar, así que optan por dejar los dispositivos en la casa de Oak. Luego de esto, el par de protagonistas parte hacia ciudad Carmín.
Mientras tanto en el puerto de Carmín, la protagonista Blue espera ansiosa el encuentro con sus padres, el cual se llevará a cabo dentro del barco que está anclado en ese lugar. El marinero a cargo del abordaje le dice a Blue que aun es muy temprano para zarpar pero decide hacer una excepción y dejarla pasar. Luego de mostrar el tri-ticket al marinero, Blue se adentra sola en el barco y libera a sus Pokémon. De pronto la joven siente una extraña presencia, entonces algo arremete contra ella.
Minutos más tarde y faltando poco para que el barco zarpe, Green y Red llegan al puerto con sus respectivos tri-tickets y logran abordar. Entonces el barco conocido como “El galope del mar” se pone en marcha hacia Isla Prima, una de las islas del archipiélago Archi7. En su interior, Red y Green se preguntan las razones por las que el profesor los enviaría a dicha región.
En algún lugar del barco, Blue y sus Pokémon siguen siendo atacados por una misteriosa entidad. Al no poder identificar a su enemigo, la joven recurre a usar el Scope Silph, unos lentes especiales que permiten ver a los Pokémon que se han hecho invisibles. Justo cuando Blue logra ver la figura de su agresor, éste la toma por el cuello y comienza a asfixiarla.
Por su parte Red y Green, los cuales se hallan en otra parte del barco, reciben una grata sorpresa luego de encontrarse con Bill, quien también planea visitar isla Prima para arreglar un asunto sobre el sistema de almacenamiento y transferencia Pokémon. En ese lugar lo espera su colega Celio.
El Galope del Mar finalmente llega a su destino pero Blue todavía corre peligro. En ese momento, la entrenadora alcanza a ver a sus padres entre la multitud de pasajeros que descienden del barco y estos a ella también. Entonces la pareja se dirige hasta donde se encuentra su hija sin sospechar que ella está siendo atacada por un Pokémon invisible. La joven intenta advertirles que no se acerquen, pero resulta ser muy tarde y los padres de Blue son absorbidos por un agujero negro.
Cuando Red y Green ya se disponían a abandonar el barco logran ver a Blue en aprietos y de inmediato acuden al lugar donde esta se encuentra. Sin embargo cuando los jóvenes llegan ya el atacante se ha marchado llevándose a los padres de Blue.
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