Las Ruinas Submarinas son unas ruinas que hay debajo del agua de la Bahía Arenisca, está abierta después de pasar la Liga Pokémon. Está constituida de 4 entradas. Tiene la forma de un laberinto por dentro y está compuesta por 4 pisos, el último piso guarda la corona antigua. Además a medida que avanza el tiempo se oyen ruidos que terminan en una corriente que te expulsa a la superficie.
En Pokémon Negro y Blanco 2 sigue estando en Bahía Arenisca, con el mismo diseño y rompecabezas de antes, y los mismos objetos. Sin embargo, como la Mansión de la familia Finolis ya no existe, puedes vender las Reliquias antiguas en el edificio más al oeste de Pueblo Arenisca.
Al igual que en Pokémon Blanco y Negro, en las Ruinas Submarinas tienen columnas moradas con escrituras jeroglíficas que normalmente necesitan traducción. Para eso, después de vencer la liga y a tu rival que esta en Pueblo Arenisca aparecerá Menek, él te dará un libro que pertenecía a Ghechis, que te permitirá traducir el texto.(el texto esta escrito de revés, es decir se ha de leer de derecha a izquierda)
Para poder acceder a los otros pisos se debe hacer:
Para subir al segundo piso se deberá llegar al bloque morado central del primer piso, y presionar en él. Entonces se apartará a un lado pero para que eso ocurra es necesario dar menos de 190 pasos hasta a él y esto solo se consigue entrando por la puerta oeste (la más cercana a la playa).
Para subir al tercer piso se deberá llegar al bloque morado que se encuentra en la parte superior izquierda del segundo piso y se usará Destello en él.
Para llegar al último y cuarto piso, se deberá llegar al bloque morado que se encuentra en la parte central derecha del tercer piso, y se usará Fuerza en él. En este piso lo único que se encuentra es la Corona antigua pero ninguna de las reliquias que te encuentras en la cueva, incluyendo la corona, se pueden vender en la tienda ya que te las compra el hombre millonario que busca objetos antiguos que vive en Pueblo Arenisca.
Estas ruinas también destacan por tener en su interior las Reliquias antiguas las cuales le puedes vender a un coleccionista millonario de objetos antiguos en Pueblo Arenisca.
En estas ruinas se pueden localizar todas las tablas, menos la tabla draco y la tabla linfa. Estas te las entrega un hombre dentro de una de las casas de la Ruta 13.
Es el único lugar que se puede acceder con la MO buceo en el juego.