Una mazmorra o territorio (Dungeon en inglés, ダンジョン en japonés) es donde se desarrolla la mayor parte de la acción en los juegos de la saga Pokémon Mundo Misterioso.
En estas se seccionan en pisos o niveles (los cuales pueden llegar hasta el 99) en los que se pueden encontrar diversos objetos, los cuales ayudarán al rescate o ayuda del Pokémon que la solicitó. Pero también aquí se encuentran los Pokémon enemigos, los cuales son en realidad Pokémon que se encuentran confundidos por los desastres naturales (en las primeras ediciones) y atacan a cualquiera que invada su territorio. Además conforme se avance en el juego las mazmorras se hacen más complejas en las cuales te puedes encontrar incluso trampas (como los nidos de monstruos o las baldosas ocultas), las cuales pueden obstaculizar el avance o el debilitamiento del equipo al caer en éstas. Para avanzar al siguiente piso es necesario saber la localización de las escaleras que se encuentran de manera aleatoria por la mazmorra, que pueden llegar a ser tan complicadas como un laberinto o aparecer cerca de ellas.
Además en Pokémon Mundo Misterioso: Equipo de rescate Rojo y Equipo de rescate Azul puedes reclutar a Pokémon siempre y cuando tengas su zona de recreo, pero eso depende del nivel del Pokémon del líder, el porcentaje de reclutamiento de la especie Pokémon, y los turnos que gastaste para debilitarlo y si el Pokémon líder dio el último golpe. En Pokémon Mundo Misterioso: Exploradores del Tiempo, Exploradores de la Oscuridad y Exploradores del Cielo, se registrarán solos en el Registro Chimecho en cuanto los reclutes, pero aún así cuesta lo suyo hacer que se te unan.
Cabe destacar que tienes un total máximo de 1000 turnos por piso (cuando das un paso también los gastas), y que si excedes de ellos te debilitarás y el juego responderá diciendo que: "Te debilitaste por una fuerza desconocida...".
Conforme vayas avanzando en el juego, los territorios se harán más difíciles y comenzarán a incluir trampas y enemigos cada vez más poderosos o evolucionados hasta su fase final.