La Zona Safari de la región Hoenn se encuentra al oeste de Ciudad Calagua, en el lado norte de la Ruta 121. En ella se encuentran Pokémon que no aparecen normalmente en las rutas de Hoenn. Se pueden atrapar Pokémon pero no se permite usar a tus Pokémon para que te ayuden a capturarlos.
El precio por entrar son 500. Te harán entrega de 30 safari balls para atrapar Pokémon. La partida acabará cuando se alcancen 500 pasos o se agoten todas las safari balls. Para entrar es imprescindible haber conseguido el tubo pokécubos (lo entrega una chica en el edificio de concursos de Ciudad Portual en Pokémon Rubí y Zafiro, o de Ciudad Calagua en Pokémon Esmeralda)
En los encuentros con los Pokémon se pueden realizar cuatro acciones:
Lanzar una safari ball para intentar capturar al Pokémon.
Acercarte al Pokémon. Aumenta las probabilidades de capturar al Pokémon con una ball pero también aumenta la probabilidad de que el Pokémon huya.
Lanzar un Pokécubo. Reduce las probabilidades de que el Pokémon huya. Cuando lo lances el Pokémon se lo comerá con más o menos ganas según si le gusta o no el sabor del Pokécubo, lo cual es un indicativo de la naturaleza del Pokémon.
La Zona Safari de Hoenn está dividida en 4 zonas, y en cada zona aparecen diferentes Pokémon o lo hacen con diferente frecuencia de aparición. Las zonas no están físicamente separadas, pero al cambiar de una a otra se mostrará por unos segundos el indicador de la ruta actual (Zona Safari) como si se cambiase de ruta. La zona del noroeste requiere de una bicicleta de carreras para poder atravesar una pendiente de arena, y la zona del nordeste una bici acrobática para atravesar una pasarela, por lo que hay que explorar este lugar por lo menos dos veces (una con cada tipo de bicicleta) para llegar a todas las zonas.
En Pokémon Esmeralda se agregaron dos zonas nuevas en la parte este, donde se pueden conseguir Pokémon de otras regiones, pero es necesario haber pasado la Liga Pokémon para acceder a ellas. Hasta entonces dos hombres situados en la entrada (un camino que hay encima de la entrada a la Zona Safari) te impedirán el paso diciendo que están trabajando en esa nueva zona.
En ciertos lugares existen unos comederos en los que se pueden depositar Pokécubos. Al depositar Pokécubos en ellas aparecerán más Pokémon en la hierba o agua de su alrededor, y sólo de Pokémon cuya naturaleza sea afín al sabor del Pokécubo depositado, hasta que el Pokécubo desaparezca del comedero.